在升级车机系统后，蔚来EC6的车窗防夹功能通常不会受到影响。蔚来汽车的车机系统更新通常是针对车载娱乐、导航、驾驶辅助等功能进行优化和改进，而车窗防夹功能属于车辆硬件的一部分，一般不会受到软件更新的影响。

不过，为了确保一切正常，建议在更新完成后检查以下几点：

1. 功能测试：尝试使用车窗防夹功能，确保其正常工作。

2. 系统日志：查看车机系统的更新日志，确认是否有关于车窗控制的相关说明。

3. 联系客服：如果有任何疑虑或发现功能异常，可以联系蔚来官方客服进行咨询。

总之，车窗防夹功能的可靠性较高，但仍需通过实际操作验证。